後期課程では、前期課程同様、3系列（情報システム系列／社会情報系列／ヘルスケア情報系列）の中から1系列を選択します。
後期課程の指導方法
その系列の指導教員の指導のもとで、博士論文の作成にあたります。
論文作成指導にあたっては、「総合情報学」領域の学問的横断性に鑑み、当該系列の主担当指導教員（主査）のほかに、関連する系列の副担当指導教員（副査）を含む複数による指導を行います。
論文作成指導にあたっては、「総合情報学」領域の学問的横断性に鑑み、当該系列の主担当指導教員（主査）のほかに、関連する系列の副担当指導教員（副査）を含む複数による指導を行います。
後期
| 系列名 | 指導教授名 | 主たる指導内容 |
| 情報システム系列 | 井関 文一 | メタバース（３次元仮想空間）の有効利用に関する研究 |
| 佐野 夏樹 | データ分析に関する研究 | |
| 鈴木 英男 | 一方向性ハッシュ関数の応用に関する研究 | |
| 富田 瑞樹 | 空間情報科学に関する情報技術を応用した生態学的研究 | |
| 永井 保夫 | 知能システムと知能ソフトウエアにおける高次推論に関する研究 | |
| 朴 鐘杰 | 衛星データを用いた時系列地球環境解析及び機械学習による物体認識に関する研究 | |
| 花田 真樹 | 次世代のＩＣＴ基盤となるネットワーク・セキュリティ技術に関する研究 | |
| 村上 洋一 | 生体分子間の相互作用メカニズム及び相互作用予測に関する研究 | |
| 社会情報系列 | 茨木 正治 | メディアと社会・政治・文化の研究 |
| 圓岡 偉男 | 情報社会の理論社会学的研究 | |
| 堂下 浩 | 金融市場における資金需要者の債務行動に関する研究 | |
| 西村 明 | 音メディアとコンテンツの知覚・認知・感性情報処理および価値拡張に関する研究 | |
| 松下 孝太郎 | 画像処理およびコンピュータグラフィックスとそれらの教育への利用 | |
| ヘルスケア情報系列 | 金子 仁子 | ヘルスリテラシー向上のためのＩＴＣの応用に関する研究 |
| 松下 博宣 | ヘルスケア・インフォマティクス研究 | |
| 山口 豊 | 心理的課題からのヘルスケアに関する研究 |