研究分野
バイオインフォマティクス
所属学会
バイオインフォマティクス学会
情報計算化学生物学会
情報処理学会
ホームページ
村上ゼミリンク： http://www.murakamilab.tuis.ac.jp
Facebookリンク：https://www.facebook.com/murakamilab.tuis
バイオインフォマティクス
所属学会
バイオインフォマティクス学会
情報計算化学生物学会
情報処理学会
ホームページ
村上ゼミリンク： http://www.murakamilab.tuis.ac.jp
Facebookリンク：https://www.facebook.com/murakamilab.tuis
| 所属 | データサイエンス学系 / 生命・環境科学研究室 | 職名 | 教授 |
| 研究テーマ | 1. タンパク質間相互作用の進化的及び物理化学的な解析 2. タンパク質相互作用を予測するためのツール開発 3. 創薬研究に有用な各種データベースやツールの開発など |
||
メッセージ
大学での学びや出会いは、これらかの皆さんの大きな力となり、新たな挑戦への一歩を後押ししてくれる勇気になります。じっくりと学び、考え、そして良き仲間との友情を深め合ってください。きっと、情報大が皆さんの力の「原点」になることでしょう。一緒にその力を育てていきましょう！
研究内容
生命科学と情報科学が融合した学問分野は、バイオインフォマティクス（生命情報学）と呼ばれています。この分野では、生命機能メカニズムの解明に向けて、生命科学データ（DNAやRNAの塩基配列、タンパク質のアミノ酸配列や立体構造など）をコンピュータで解析したり、その解明に有用な各種データベースやツール開発などが行われています。特にタンパク質を中心として、次のような研究に取り組んでいます。
1) タンパク質間相互作用の進化的及び物理化学的な解析
タンパク質の立体構造データから得られる、タンパク質とタンパク質の相互作用データの進化的及び物理化学的な特徴を網羅的に解析することは、分子認識メカニズムや分子機能の解明などにつながることが期待されています。この解析から得られた知識に基づいて、未だ知られていない相互作用を予測するためのツール開発に取り組んでいます。
2) タンパク質間相互作用を予測するためのツール開発
タンパク質間の協調的な相互作用ネットワークが崩れてしまうと、様々な病気につながる可能性があります。そのため、病気に関係する相互作用や相互作用部位を同定することは、病気の治療薬の開発に役立ちます。そこで、1)の解析から得られた知識に基づいて、タンパク質間の相互作用を予測するためのツール開発に取り組んでいます。
3) 創薬科学研究に有用な各種データベースやツール開発
実験技術の進歩により、大量の生命科学データがデータベース化されており、それをコンピュータで解析することで、生命機能メカニズムの解明につながる新たな知識の発見が期待されています。また、その知識は、実験による解析の効率化や解析コストの削減にもつながることが期待されています。そこで、生命科学データからの知識発見に有用な各種データベースやツール開発に取り組んでいます。
1) タンパク質間相互作用の進化的及び物理化学的な解析
タンパク質の立体構造データから得られる、タンパク質とタンパク質の相互作用データの進化的及び物理化学的な特徴を網羅的に解析することは、分子認識メカニズムや分子機能の解明などにつながることが期待されています。この解析から得られた知識に基づいて、未だ知られていない相互作用を予測するためのツール開発に取り組んでいます。
2) タンパク質間相互作用を予測するためのツール開発
タンパク質間の協調的な相互作用ネットワークが崩れてしまうと、様々な病気につながる可能性があります。そのため、病気に関係する相互作用や相互作用部位を同定することは、病気の治療薬の開発に役立ちます。そこで、1)の解析から得られた知識に基づいて、タンパク質間の相互作用を予測するためのツール開発に取り組んでいます。
3) 創薬科学研究に有用な各種データベースやツール開発
実験技術の進歩により、大量の生命科学データがデータベース化されており、それをコンピュータで解析することで、生命機能メカニズムの解明につながる新たな知識の発見が期待されています。また、その知識は、実験による解析の効率化や解析コストの削減にもつながることが期待されています。そこで、生命科学データからの知識発見に有用な各種データベースやツール開発に取り組んでいます。
発表・著書等
学会発表・講演など
「生体分子間相互作用の理解のためのデータ科学と創薬基盤技術の開発」
徳島大学研究クラスター統合的がん創薬研究クラスター特別セミナー（於先端酵素学研究所 B 棟 1F 交流ホール）, 2019.3.22
「PSOPIA: Toward more reliable protein-protein interactions prediction from sequence information」
International Conference on Intelligent Informatics and Biomedical Sciences (ICIIBMS)（於沖縄科学技術大学院大学）, 2017.11
「A machine learning approach for predicting protein-protein interactions」
大阪大学蛋白質研究所セミナー (於大阪大学 蛋白質研究所), 2015.3
「Exhaustive comparison of representative partial surfaces of ligand binding sites in proteins」
2011年日本バイオインフォマティクス学会年会 (於神戸国際会議場）, 2011.11
「PiRaNhA: a server for the prediction of RNA-binding residues in protein sequences」
日英シンポジウム（於千里ライフサイエンスセンター), 2008,9
「An application of genetic algorithm to a backward evolution of cellular automata」
1999 International Symposium on Nonlinear Theory and its Applications NOLTA'99 （於ハワイ島,アメリカ）, 1999.11
徳島大学研究クラスター統合的がん創薬研究クラスター特別セミナー（於先端酵素学研究所 B 棟 1F 交流ホール）, 2019.3.22
「PSOPIA: Toward more reliable protein-protein interactions prediction from sequence information」
International Conference on Intelligent Informatics and Biomedical Sciences (ICIIBMS)（於沖縄科学技術大学院大学）, 2017.11
「A machine learning approach for predicting protein-protein interactions」
大阪大学蛋白質研究所セミナー (於大阪大学 蛋白質研究所), 2015.3
「Exhaustive comparison of representative partial surfaces of ligand binding sites in proteins」
2011年日本バイオインフォマティクス学会年会 (於神戸国際会議場）, 2011.11
「PiRaNhA: a server for the prediction of RNA-binding residues in protein sequences」
日英シンポジウム（於千里ライフサイエンスセンター), 2008,9
「An application of genetic algorithm to a backward evolution of cellular automata」
1999 International Symposium on Nonlinear Theory and its Applications NOLTA'99 （於ハワイ島,アメリカ）, 1999.11
論文・著書など
村上洋一、水口賢司（2018）「in silicoを用いたタンパク質間相互作用(PPI)の網羅的解析と創薬応用」 『In silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術』（株）技術情報協会
Kanamori et al. (2013), "Biomolecular Forms and Functions", in Bansal,M. and Srlnlvasan,N. (eds.), World Scientific, Singapore, pp.160-172.
Murakami, Y et al. (2010), "Sequence-based prediction of protein-protein interaction sites using a Naïve Bayes classifier with kernel density estimation", The proceedings of the 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics, pp.1379-1391.
Murakami, Y et al. (2008), "Development of a fast similarity search method for the molecular surface database", The proceedings of the 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics, pp.026.1-026.2.
Jones, S. and Murakami, Y. (2007), "Bioinformatics Research and Development, Lecture Notes in Computer Science, Volume 4414", in Hochreiter,S. and Wangner,S. (eds.), Springer, pp.303-313.
Kanamori et al. (2013), "Biomolecular Forms and Functions", in Bansal,M. and Srlnlvasan,N. (eds.), World Scientific, Singapore, pp.160-172.
Murakami, Y et al. (2010), "Sequence-based prediction of protein-protein interaction sites using a Naïve Bayes classifier with kernel density estimation", The proceedings of the 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics, pp.1379-1391.
Murakami, Y et al. (2008), "Development of a fast similarity search method for the molecular surface database", The proceedings of the 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics, pp.026.1-026.2.
Jones, S. and Murakami, Y. (2007), "Bioinformatics Research and Development, Lecture Notes in Computer Science, Volume 4414", in Hochreiter,S. and Wangner,S. (eds.), Springer, pp.303-313.
査読論文
Lokesh, P.T et al. (2019), "Network-Based Analysis for Biological Discovery", Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology", Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology, vol.3, 2019, pp.283-291.
Murakami, Y. and Mizuguchi, K. (2017), "Making protein-protein interaction prediction more reliable with a large-scale dataset at the proteome level", Journal of Bioinformatics and Neuroscience, vol.3, issue.3, pp.91-98.
Murakami, Y. and Mizuguchi, K. (2017), "PSOPIA: Toward more reliable protein-protein interactions prediction from sequence information", Intelligent Informatics and Biomedical Sciences (ICIIBMS), 2017 International Conference on, doi: 10.1109/ICIIBMS.2017.8279749
Murakami, Y et al. (2017), "Network analysis and in silico prediciton of protein-protein interactions with applications in drug discovery", Current Opinion in Structural Biology, vol.44, pp.134-142, doi: 10.1016/j.sbi.2017.02.005.
Murakami, Y et al. (2016), "NLDB: a database for 3D protein–ligand interactions in enzymatic reactions", Journal of Structural and Functional Genomics, vol.17, issue.4. pp.101-110, doi:10.1007/s10969-016-9206-0.
Chen, Y.A et al. (2014), "Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 3 (BIG3) is predicted to interact with its partner through an ARM-type alpha helical structure", BMC Research Notes, 7:435, doi:10.1186/1756-0500-7-435.
Murakami, Y et al. (2014), "Homology-based prediction of interactions between proteins using Averaged One-Dependence Estimators", BMC Bioinformatics, 15:213, doi:10.1186/1471-2105-15-213.
Lensink, M.F et al., (2013), "Blind Prediction of Interfacial Water Positions in CAPRI", Proteins: Structure, Function and Bioinformaces, 82(4), pp.620-632, doi:10.1002/prot.24439.
Yoshimaru, T et al. (2013), "Targeting BIG3-PHB2 interaction to overcome tamoxifen resistance in breast cancer cells", Nature Communication, 4:2443, doi:10.1038/ncomms3443.
Murakami, Y et al. (2013), "Exhaustive comparison and classification of ligand-binding surfaces in proteins", Protein Science, 22(10), pp.1379-1391, doi:10.1002/pro.2329
Murakami, Y. and Mizuguchi, K. (2010), "Applying the Naive Byes classifier with kernel density estimation to the prediction of protein-protein interaction sites", Bioinformatics, 26(15), pp.1841-1848, doi:10.1093/bioinformatics/btq302.
Murakami, Y.* and Spriggs, R.V* et al. (2010), "PiRaNhA: A server for the computational prediction of RNA-binding residues in protein sequences", Nucleic Acid Research, 38(Web Server Issue): W412-W416, doi:10.1093/nar/gkq474. * 共同筆頭著者
Spriggs, R.V.* and Murakami, Y* et al. (2009), "Protein Function annotation from sequence: prediction of specific RNA-binding residues", Bioinformatics, 25(12), pp.1492-1497, doi:10.1093/bioinformatics/btp257. * 共同筆頭著者
Kanamori, K et al. (2007), "Docking of protein molecular surfaces with evolutionary trace analysis", Proteins: Structural, Function, and Bioinformatics, vol.69, issue.4, pp.832-838, doi:10.1002/prot.21737.
Kinoshita, K et al. (2007), "eF-seek: prediction of the functional sites of proteins by searching for similar electrostatic potential and molecular surface shape", Nucleic Acid Research, 35(Web Server Issue), W398-W402, doi:10.1093/nar/gkm351.
Murakami, Y et al. (2006), "SHARP2: protein-protein interaction predictions using patch analysis", Bioinformatics, 22(14), pp.1794-1795, doi:10.1093/bioinformatics/btl171.
Murakami, Y. and Mizuguchi, K. (2017), "Making protein-protein interaction prediction more reliable with a large-scale dataset at the proteome level", Journal of Bioinformatics and Neuroscience, vol.3, issue.3, pp.91-98.
Murakami, Y. and Mizuguchi, K. (2017), "PSOPIA: Toward more reliable protein-protein interactions prediction from sequence information", Intelligent Informatics and Biomedical Sciences (ICIIBMS), 2017 International Conference on, doi: 10.1109/ICIIBMS.2017.8279749
Murakami, Y et al. (2017), "Network analysis and in silico prediciton of protein-protein interactions with applications in drug discovery", Current Opinion in Structural Biology, vol.44, pp.134-142, doi: 10.1016/j.sbi.2017.02.005.
Murakami, Y et al. (2016), "NLDB: a database for 3D protein–ligand interactions in enzymatic reactions", Journal of Structural and Functional Genomics, vol.17, issue.4. pp.101-110, doi:10.1007/s10969-016-9206-0.
Chen, Y.A et al. (2014), "Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 3 (BIG3) is predicted to interact with its partner through an ARM-type alpha helical structure", BMC Research Notes, 7:435, doi:10.1186/1756-0500-7-435.
Murakami, Y et al. (2014), "Homology-based prediction of interactions between proteins using Averaged One-Dependence Estimators", BMC Bioinformatics, 15:213, doi:10.1186/1471-2105-15-213.
Lensink, M.F et al., (2013), "Blind Prediction of Interfacial Water Positions in CAPRI", Proteins: Structure, Function and Bioinformaces, 82(4), pp.620-632, doi:10.1002/prot.24439.
Yoshimaru, T et al. (2013), "Targeting BIG3-PHB2 interaction to overcome tamoxifen resistance in breast cancer cells", Nature Communication, 4:2443, doi:10.1038/ncomms3443.
Murakami, Y et al. (2013), "Exhaustive comparison and classification of ligand-binding surfaces in proteins", Protein Science, 22(10), pp.1379-1391, doi:10.1002/pro.2329
Murakami, Y. and Mizuguchi, K. (2010), "Applying the Naive Byes classifier with kernel density estimation to the prediction of protein-protein interaction sites", Bioinformatics, 26(15), pp.1841-1848, doi:10.1093/bioinformatics/btq302.
Murakami, Y.* and Spriggs, R.V* et al. (2010), "PiRaNhA: A server for the computational prediction of RNA-binding residues in protein sequences", Nucleic Acid Research, 38(Web Server Issue): W412-W416, doi:10.1093/nar/gkq474. * 共同筆頭著者
Spriggs, R.V.* and Murakami, Y* et al. (2009), "Protein Function annotation from sequence: prediction of specific RNA-binding residues", Bioinformatics, 25(12), pp.1492-1497, doi:10.1093/bioinformatics/btp257. * 共同筆頭著者
Kanamori, K et al. (2007), "Docking of protein molecular surfaces with evolutionary trace analysis", Proteins: Structural, Function, and Bioinformatics, vol.69, issue.4, pp.832-838, doi:10.1002/prot.21737.
Kinoshita, K et al. (2007), "eF-seek: prediction of the functional sites of proteins by searching for similar electrostatic potential and molecular surface shape", Nucleic Acid Research, 35(Web Server Issue), W398-W402, doi:10.1093/nar/gkm351.
Murakami, Y et al. (2006), "SHARP2: protein-protein interaction predictions using patch analysis", Bioinformatics, 22(14), pp.1794-1795, doi:10.1093/bioinformatics/btl171.
学位・研究業績等
researchmap（外部リンク）